Üçer aylık dönemler halinde tahakkuk ettirilerek tahsil edilen geçici vergi, yıllık beyanname üzerinden hesaplanan gelir vergisinden mahsup edilir. Mahsup edilemeyen tutar mükellefin diğer vergi borçlarına mahsup edilir. Bu mahsuplara rağmen kalan geçici vergi tutarı o yılın sonuna kadar yazılı olarak talep edilmesi halinde mükellefe red ve iade edilir. Bu esaslar kurumlar vergisi mükellefleri açısından da geçerlidir.

Mahsup işleminin yapılabilmesi için, tahakkuk ettirilmiş geçici verginin ödenmiş olması gerekmektedir. Geçici vergi dönemleri itibarıyla tahakkuk ettirilmiş, ancak ödenmemiş bulunan geçici verginin yıllık beyanname üzerinden hesaplanan gelir veya kurumlar vergisinden mahsup edilmesi mümkün değildir.

Tahakkuk ettirilmiş ancak ödenmemiş olması dolayısıyla yıllık beyanname üzerinden hesaplanan vergiden mahsup imkanı bulunmayan geçici vergi tutarları terkin edilir. Terkin edilen geçici vergi tutarı için vade tarihinden terkin edilmesi gereken tarih olan yıllık beyannamenin verilmesi gereken kanuni sürenin başlangıç tarihine kadar gecikme zammı uygulanır.

Ödenen geçici vergi tutarının, geçici verginin ilgili olduğu döneme ilişkin olarak verilen beyanname üzerinden hesaplanan gelir veya kurumlar vergisinden fazla olması halinde, mahsup edilemeyen tutar mükellefin diğer vergi borçlarına mahsup edilir. Mahsup işleminin yapılabilmesi için yazılı başvuru şartı aranmaz. Söz konusu mahsup işlemi ilgili vergi dairesince re’sen yapılır.

Mahsup işlemi yıllık beyannamenin verildiği tarih esas alınarak yerine getirilir. Mahsubu yapılacak vergi borçları için vade tarihinden, yıllık beyannamenin verildiği tarihe kadar gecikme zammı uygulanır. Mahsup sonucu iadesi gereken miktarın bulunması ve bu tutarın beyannamenin ilgili satırına yazılmış olması, mükellefçe yazılı olarak yapılmış iade talebi olarak kabul edilir. Yıllık beyannamenin ilgili tablosunda/satırında gösterilmeyen geçici verginin mahsuben veya nakden iade edilebilmesi için o yılın sonuna kadar elektronik ortamda, 429 Sıra No’lu Vergi Usul Kanunu Genel Tebliği ekindeki ilgili standart dilekçe kullanılarak başvuruda bulunulması gerekir.

Geçici verginin gerek mahsuben gerekse nakden iadesinde herhangi bir tutar sınırlaması olmayıp, geçici verginin ödenmiş olması yeterlidir. Geçici vergiye ilişkin iade taleplerinde teminat ve inceleme raporu aranmaz.